まず、独自ドメインの話の前に、「サブドメイン」と「サブディレクトリ」について理解する必要があります。具体的な例を挙げると、
例）
サブドメイン ： http：//example.monogusasyuhu.com/
サブディレクトリ ： http：//monogusasyuhu.com/example/
緑の部分がドメインで、赤い部分が無料サーバーなどのユーザーＩＤです。
どちらも、サーバーではエリア「monogusasyuhu.com」の中にフォルダ「example」がある状態になっています。対応するＵＲＬだけが違います。
ここで、検索エンジンの検索結果に話を移します。
検索エンジンのキーワード検索結果では、同じドメインのページを制限して表示するといわれています。
たとえばＧｏｏｇｌｅでは同じドメインのページは２ページまでを表示し、３件目からは省略するのだそうです。
その際、サブドメインのページは３件目も検索エンジンに別ドメインとして扱われます。
http：//example１.monogusasyuhu.com/
http：//example２.monogusasyuhu.com/
http：//example３.monogusasyuhu.com/
http：//example４.monogusasyuhu.com/
・・・、みんな大丈夫です。
逆に、
http：//monogusasyuhu.com/example１/
http：//monogusasyuhu.com/example２/
（http：//monogusasyuhu.com/example３/）
（http：//monogusasyuhu.com/example４/）
の場合、上２件は検索結果に表示され、下２件は省略されます。自分のホームページＩＤがexample３でＵＲＬがサブディレクトリ形式なら、省略されてしまうのです。
ということで、サブドメインとサブディレクトリを比較すると、検索エンジンの検索結果ではサブドメインのほうが有利と言えそうです。
ここで、独自ドメインを考えてみます。独自ドメインを持っていれば、サブドメインにしても、サブディレクトリでも、どちらもＯＫです。
そのドメインのページは全部自分のものですから、省略されることはありません。
また、サーバーを引越しする際もＵＲＬを変えずに済むので、後々も安定して検索エンジンに上位表示されることができます。（ＵＲＬが変わると検索順位は一から出直しになります）
結局のところ、実は、独自ドメインでなくともサブドメインなら大丈夫です。私も、FC2WEB
 で長期運営してきて、特に大丈夫でした。
なので、サブドメインを選べば心配はありません。
が、とりあえず参考までに、私はその後のサイトを月額１２５円からの「さくらのレンタルサーバ」
 で作ったりしています。
サブドメインなら大丈夫なのですが、ま、参考にということで。
（ドメイン取得なら、年間６９３円からの格安ドメイン取得サービス─ムームードメイン
 が安いですｆ＾＾；）
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」
です。
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